헌법재판소는 2019년 4월 11일 재판관 4(헌법불합치) : 3(단순위헌) : 2(합헌)의 의견으로, 

임신한 여성의 자기낙태를 처벌하는 형법 제269조 제1항, 의사가 임신한 여성의 촉탁 또는 승낙을 받아 낙태하게 한 경우를 처벌하는 형법 제270조 제1항 중 ‘의사’에 관한 부분은 모두 임신초기 낙태까지 처벌하여 여성의 자기결정권을 과도하게 침해하고 과잉금지원칙에 위배되므로 헌법에 합치되지 아니하며, 위 조항들은 2020. 12. 31.을 시한으로 입법자가 개정할 때까지 계속 적용된다는 결정을 선고하였다. 

이로써 1953년 형법제정 후 모자보건법에 따른 제한적인 허용상황 이외의 낙태는 산모와 이를 도와준 의사를 처벌해왔던 처벌관행이 바뀌게 되었다.

2012년 8월 재판관 4(합헌) : 4(위헌)의 비율로 합헌결정이 내려졌으나 그동안 문재인 정부에 들어서 보수적 성향의 재판관들이 임기만료로 퇴직하고 진보적 성향의 재판관들이 다수 임명됨으로써 낙태죄의 위헌결정여부는 초미의 관심사로 떠올랐는데 여성단체와 진보적 지식인들은 여성의 자기결정권을 존중하여 위헌주장을 해왔고 종교단체 등은 태아의 생명권을 부정하는 

낙태는 처벌해야 한다며 합헌주장을 하면서 첨예하게 대립하였다.

결국 헌법재판소는 7:2의 다수결로 낙태죄 처벌의 위헌성을 확인하였으나 다만 즉시 위헌선고를 한 경우의 혼란 방지를 위하여 헌법불합치 결정을 내리고 2020. 12. 31.까지 국회가 위헌조항을 개정하여 낙태죄의 처벌을 삭제하도록 하였고 그때까지 개정되지 않으면 그 후에는 위헌으로 해당조항이 효력이 없도록 하였다.

헌법재판소가 태아가 모체를 떠난 상태에서 독자적으로 생존할 수 있는 시점인 임신 22주 내외에 도달하기 전이면서 동시에 임신 유지와 출산 여부에 관한 자기결정권을 행사하기에 충분한 시간이 보장되는 시기(이하 착상 시부터 이 시기까지를 ‘결정가능기간’이라 한다) 까지의 낙태에 대해서는 국가가 생명보호의 수단 및 정도를 달리 정할 수 있다고 판단하였기 때문에 낙태죄 처벌규정을 개정하면서 그 이후의 낙태에 대해서는 여전히 처벌이 될 가능성이 있다.

헌법재판소의 위헌결정에 대해서 천주교와 기독교에서는 “여성의 몸 안에서 이루어지는 임신과 출산의 과정은 여성만을 위해 존재하는 것이 아니라 인류의 대를 이어가며 보존하고 국가와 사회의 존립을 지키는 유일한 방식이고 낙태는 자신을 방어할 능력이 없는 태중의 무고한 생명을 죽이는 죄로서 어떠한 이유로도 정당화될 수 없다”고 비판하고 있다.